原則として、会社の従業員に対する債権と、従業員の会社に対する賃金債権や退職金債権を、会社側から相殺することはできません。ただし、労働者がその自由な意思に基づき相殺に同意した場合であって、同意が労働者の自由な意思に基づいてなされたと認めるに足りる合理的な理由が客観的に存在するときに限り、相殺は可能です。

この点につき、最判平成2年11月26日は、労働者がその自由な意思に基づき相殺に同意した場合で、かつ、かかる同意が労働者の自由な意思に基づいてなされたと認めるに足りる合理的な理由が客観的に存在するときは、かかる相殺は、賃金全額払いの原則を定めた労働基準法24条1項に違反しない、と述べました。

この判例を踏まえると、会社の従業員に対する債権と賃金債権・退職金債権を相殺するには、使用者からの一方的な相殺の意思表示によることはできず、使用者と労働者の間の個別の合意が必要となります。

さらに、個別の合意があったとしても、労働者の同意が自由な意思に基づく必要があり、その判断は、合意が成立した経緯、同意の態様、労働者の認識の有無・内容、使用者の債権の性質（労働者の利益になっている債権か）を考慮し、厳格に行われることになります。

本判決の後、相殺の合意の効力が肯定された裁判例としては、住宅資金用途・自社株式購入用途で使用者が労働者に貸し付けた貸金債権と、退職金債権等の相殺合意がなされた事例、外国人労働者の渡航費用を貸し付けた貸金債権と、賃金債権の相殺合意がなされた事例があります。